Þarfir nemenda eru misjafnar og það er verkefni þeirra sem í skólanum starfa að mæta þeim eins vel og kostur er. Starfshættir eru sveigjanlegir, kennsluhættir einstaklingsmiðaðir og námsefni aðlagað að þörfum nemenda. Meðal kennsluaðferða sem skólinn vinnur eftir eru: Byrjendalæsi, PALS, auk aðferða sem innleiddar hafa verið af John Morris. Lögð er sérstök áhersla á að starfsmenn hafi skilning og faglega þekkingu á málefnum sem varða nemendur sem hafa annað móðurmál en íslensku. Íslenskunám nemenda er sameiginlegt verkefni allra sem með börnunum starfa.

Í Fellaskóli ríkir sá sveigjanleiki innan námssviða að námi nemenda er skipt upp í lotur. Þær greinar sem falla undir lotukerfið eru misjafnlega margar frá einum árgangi til annars. Dæmi um námsgreinar sem gjarnan falla undir lotukerfi eru hönnun og smíði, myndmennt, textílmennt, tónlist, heimilisfræði og sund. Náminu er skipt upp í 8 - 9 vikna langar lotur. Nemendum er blandað í lotuhópana óháð bekkjarskiptingu og er hver árgangur samtímis í list- og verkgreinum.

Í vetur verður gerð tilraun í 9. og 10. bekk með samþættingu námsgreina (íslenska, náttúrufræði, samfélags­fræði og upplýsingatækni).